单细胞多组学解码了小鼠二次部发育的监管程序
Fangfang Yan1, Akiko Suzuki2,3,4, Chihiro Iwaya2,3
1Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX, 77030, USA.
Nature communications
|January 27, 2024
概括
palatogenesis 中的基因调节中断会导致口腔裂口. 这项研究绘制了小鼠口腔发育中的表观遗传和基因表达变化,确定了前后口腔形成的关键转录因子SHOX2和MEOX2.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 口腔裂是一种常见的先天性出生缺陷.
- palatogenesis 期间的基因调节中断与它的发展有关.
研究的目的:
- 为了全面地映射小鼠二次口腔发育过程中的表观遗传和转录动态.
- 为了确定调节形成的关键转录因子.
主要方法:
- 单细胞多基因组测序 (scMultiome) 在36154个来自小鼠二级的细胞上进行,跨越胚胎日E12.5-E14.5.5.
- 染色体可访问性和基因表达在单个细胞内同时进行了分析.
- 计算分析,包括轨迹推断和in silico扰动,用于识别监管关系.
主要成果:
- 构建了从神经衍生的细胞到独特的 palatal 谱系的五个分化轨迹.
- 确定血统的转录因子的特征是将开放的染色体信号与基因表达联系起来.
- 鉴定出SHOX2和MEOX2分别是前和后发育的关键调节者.
结论:
- 这项研究提供了一个详细的地图表,介绍了口腔发育过程中的表观遗传和转录变化.
- 这些发现提供了对口腔发育背后的分子机制的宝贵见解,并确定了口腔裂的潜在治疗点.
- 生成的数据集将成为未来对先天性出生缺陷研究的关键资源.
