一个超高吞吐量,大规模可复合的,在酵母中的单细胞RNA-seq平台
Leandra Brettner1, Rachel Eder1,2, Kara Schmidlin1,2
1Biodesign Institute Center for Mechanisms of Evolution, Arizona State University, Tempe, Arizona, USA.
Yeast (Chichester, England)
|January 29, 2024
概括
我们为酵母优化了基于分割池结合的转录基因组测序 (SPLiT-seq),实现了高通量,经济高效的单细胞RNA测序. 这种强大的工具允许研究人员同时研究数百种酵母菌株和环境,揭示细胞异质性.
科学领域:
- * 分子生物学 * 分子生物学
- * 基因组学 是一个学科.
- * 细胞生物学 * 细胞生物学
背景情况:
- * 酵母菌的基因可操纵性和容易生长使其成为一个理想的模型生物.
- *传统的RNA测序方法在处理大量酵母样本和在单细胞水平上分析转录组方面存在局限性.
- *在各种基因型和环境中研究酵母转录组对于理解细胞功能和适应至关重要.
研究的目的:
- * 为酵母研究优化和验证基于分割池结合的转录基因组测序 (SPLiT-seq) 平台.
- * 为了实现在酵母中高通量,经济高效的单细胞RNA测序 (scRNAseq).
- * 促进跨多种酵母菌株和环境的转录表型的研究,并研究细胞异质性.
主要方法:
- *优化SPLiT-seq平台的酵母,使用组合条形码策略.
- *将SPLiT-seq应用于来自多种酵母物种和菌群的43,388个细胞.
- *利用细胞膜作为现场条形码的反应容器,实现在没有物理细胞隔离的情况下进行质量并行.
主要成果:
- *成功地将SPLiT-seq应用于大量酵母细胞,与传统scrRNAseq相比,证明了其可扩展性和成本效益.
- *该方法可以同时分析数百种酵母基因型或生长条件.
- * 在克隆酵母种群中检测到截然不同的转录细胞状态,包括与细胞周期, ploidy 和代谢策略相关的变异.
结论:
- *优化的SPLiT-seq平台显著提高了在单细胞水平上进行酵母转录组分析的能力.
- * 这项技术使酵母研究的高通量scRNAseq民主化,不需要专门的设备.
- * SPLiT-seq提供了强大的应用程序,用于研究跨多种条件的转录表型,以及剖析酵母细胞异质性.
