通过整合体外和体内的方法来改善酶功能注释:以histidinol酸盐酸酶为例
Thomas Kinateder1, Carina Mayer1, Julian Nazet1
1Institute of Biophysics and Physical Biochemistry & Regensburg Center for Biochemistry, University of Regensburg, Regensburg, Germany.
Protein science : a publication of the Protein Society
|January 29, 2024
概括
这项研究引入了一种结合计算和实验方法的新方法,以准确识别蛋白质功能. 这项新技术成功地重新注释了众多的酸酸酶 (HolPases),并在古生物中发现了新的酸酶.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 酶学 是一种酶学.
背景情况:
- 高通量测序产生了大量的蛋白质数据,压倒了实验功能验证.
- 计算功能注释缺乏准确性,容易出现错误.
- 为了可靠的蛋白质功能分配,需要将in silico效率与体外严谨性整合起来.
研究的目的:
- 开发和验证一种混合方法,用于准确的蛋白质功能注释.
- 使用实验和计算方法的组合来识别异功能酶.
- 在各种物种中重新注释和发现histidinol酸盐酸酶 (HolPases).
主要方法:
- 代表性酶的实验性表征,包括活性位点氨酸扫描.
- 创建一个功能决定的残留指纹.
- 使用序列相似性网络来识别同源蛋白质.
- 预测酶功能的体外验证.
主要成果:
- 精确的Pseudomonas aeruginosa HolPase同类的功能注释,纠正错误的注释作为素酸酶.
- 试验验证预测的HolPase功能在体外.
- 在考古物种中识别和注释新型HolPase,包括与新发现的考古HolPase相关的.
结论:
- 开发的混合方法有效地将计算预测与实验验证相结合,用于准确的蛋白质功能注释.
- 这种方法显著提高了大型蛋白质数据库中的功能赋值的可靠性.
- 这项研究扩大了已知的HolPases在细菌和考古领域的知识库.
