单分子DNA甲基化揭示了T辅助细胞独特的表观遗传特征
Chloe Goldsmith1, Valentin Thevin1, Olivier Fesneau1
1Tumor Escape Resistance and Immunity Department, Cancer Research Center of Lyon, The French League Against Cancer Certified Team, INSERM U1052, CNRS UMR 5286, Léon Bérard Centre and University of Lyon, Lyon, France.
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
|January 29, 2024
概括
一种新方法使用DNA甲基化分析来追踪CD4 T辅助细胞的转变. 这种技术揭示了细胞中间状态并推断了转录因子活性,有助于研究细胞分化.
科学领域:
- 免疫学和表观遗传学
- 细胞和分子生物学 细胞和分子生物学
背景情况:
- CD4 T辅助细胞的身份和可塑性受到表观遗传机制的影响.
- 目前用于分析DNA基基修饰的方法不足以研究T辅助细胞中介细胞过渡.
- 细胞因子甲基化 (5mCpG) 和基甲基化 (5hmCpG) 是与稳定细胞表型相关的表观遗传标记.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的方法,用于在CD4 T辅助细胞中分析DNA基因修饰.
- 评估DNA甲基化模式的潜力,以表征细胞过渡状态的中间状态.
- 推断与不同T辅助细胞亚型相关的转录因子活动.
主要方法:
- 开发针对Cas9的单分子纳米孔测序,用于对原生DNA5mCpG模式进行分析.
- 分析仅10个选择的基因组位点,以区分T细胞亚型和中间表型.
- 使用非目标序列推断转录因子活动.
- 使用单分子适应性采样对肠道Th17细胞进行5mCpG和5hmCpG检测的验证.
主要成果:
- 开发的方法成功地区分了基于本地DNA5mCpG模式的主要体外偏离的小鼠T细胞亚型和中间表型.
- 与细胞亚型相关的转录因子活动是使用非目标序列推断的.
- 在致病的Th17细胞中,与非致病的同类细胞相比,确定了21个不同甲基化的区域.
结论:
- 针对Cas9的纳米孔测序提供了一种可靠的方法来分析本源DNA甲基化,用于研究T辅助细胞身份.
- 通过DNA甲基化分析,可以描述细胞中介过渡状态,并推断转录因子的活性.
- 这种方法在研究T辅助细胞的生理和病理过渡状态方面具有潜在的应用.
