通过囊S-氨基乙基化扩大基于lys-C/trypsin的自下而上的蛋白质组的覆盖范围
Ryota Tomioka1,2, Ayana Tomioka1, Kosuke Ogata1
1Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Kyoto University, Kyoto 606-8501, Japan.
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
|January 29, 2024
概括
S-氨基乙基化 (AE-Cys) 通过改善蛋白质识别,特别是膜蛋白和癌症突变来增强自下而上的蛋白质组学. 这种方法在癌症研究中提供了更大的可重复性和途径覆盖.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物化学 生物化学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 底部向上蛋白质组学旨在最大限度地提高蛋白质识别覆盖范围.
- 半氨酸的修饰对于酶消化和分析至关重要.
- 现有的方法,如二甲基化,在特异性和覆盖范围方面存在局限性.
研究的目的:
- 评估S-氨基甲基化 (AE-Cys) 作为下向蛋白质组学中氨酸修饰的优越替代方案.
- 评估AE-Cys在酶分裂和鉴定中的效率和特异性.
- 确定AE-Cys在分析包括癌症组织在内的复杂生物样本中的实用性.
主要方法:
- 使用2-甲基胺,对囊类残留物进行S-氨基乙基化.
- 使用lysyl内酶 (Lys-C) 或Lys-C/trypsin进行酶性消化.
- 使用数据依赖和数据独立获取模式对A549细胞提取物和小鼠非小细胞肺癌 (NSCLC) 组织进行蛋白质组分析.
- 无标签量化用于比较分析.
主要成果:
- 通过AE-Cys的修改,通过Lys-C.证明了修改后的囊蛋白在C端侧的有效裂变.
- 与碳酸二甲基化相比,减少了副作用.
- 在A549细胞提取物中增加了蛋白质组的识别,特别是膜蛋白.
- 在小鼠NSCLC组织分析中改善NSCLC路径覆盖率和可重复性.
- 成功鉴定了一种具有T790 M突变的特定表皮生长因子受体 (EGFR) .
结论:
- AE-Cys 是一种有效的策略,可以在自下而上的蛋白质组学中提高蛋白质覆盖率.
- 该方法改善了识别具有挑战性的标,如膜蛋白和癌症特异性突变.
- AE-Cys具有很高的可复制性,并模仿Lys裂变,使其成为癌症蛋白质组学的宝贵工具.
