对于Eucalyptus spp. 的参考基因. 在Beauveria bassiana疫苗接种下,随后感染了黄黄蜂Leptocybe invasa
Matheus Martins Daude1,2, Solange Aparecida Ságio1,3, Jovielly Neves Rodrigues4
1Laboratory of Molecular Analysis (LAM), Life Sciences Department, Faculty of Medicine, Federal University of Tocantins, Palmas, TO, Brazil.
Scientific reports
|January 31, 2024
概括
选择合适的参考基因对于在Eucalyptus中进行可靠的RT-qPCR分析至关重要. 这项研究确定了在各种压力条件下对欧树基因表达研究的最佳参考基因.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 定量基因表达分析
- 树的基因组学
背景情况:
- 定量实时PCR (RT-qPCR) 对于了解植物防御机制至关重要,但其准确性取决于适当的参考基因选择.
- 不一致的参考基因选择可以显著影响欧树基因表达研究中RT-qPCR结果的可靠性.
- 树杂交 (E. tereticornis × E. camaldulensis) 是相关的模型,因为它们的干旱耐受性和易受害虫如Leptocybe invasa.
研究的目的:
- 为了识别和验证稳定的基因参考RT-qPCR分析在树杂交.
- 在Beauveria bassiana接种和L. invasa感染条件下评估参考基因稳定性.
- 为了确保在生物和非生物压力下Eucalyptus中的基因表达数据的可靠性.
主要方法:
- 使用RefFinder工具评估了树杂交中的11个候选参考基因的表达稳定性.
- RefFinder集成了geNorm,NormFinder,BestKeeper和Delta-Ct算法,用于全面的稳定性分析.
- 通过分析 EcDREB2 转录因子的表达来验证选定的参考基因.
主要成果:
- 在所有评估的治疗方法中,EcPTB,EcPP2A-1和EcEUC12被确定为最稳定的参考基因.
- 特定的基因基因组合 (例如,EcPTB/EcEUC12/EcUBP6) 在不同的实验条件下是最佳的,包括控制,真菌接种和昆虫感染.
- 标准化RT-qPCR数据使用每个特定实验条件的验证参考基因.
结论:
- 这项研究强调了选择和验证参考基因对于精确的欧树RT-qPCR分析的关键重要性.
- 已识别的参考基因为未来对树的基因表达研究提供了可靠的基础,特别是关于应激反应的研究.
- 这些发现有助于未来研究各种树代谢途径和防御机制.
