评估洗剂辅助子沉工作流程对非目标定量蛋白质组的精度
Jessica L Nickerson1, Hugo Gagnon2, Peter D Wentzell1
1Department of Chemistry, Dalhousie University, Halifax, Nova Scotia, Canada.
Proteomics
|February 1, 2024
概括
这项研究验证了一种使用二甲基硫酸盐 (SDS) 和子沉的定量蛋白质组学的新方法. 这种方法改善了蛋白质恢复和MS信号可靠性,用于准确的无标签蛋白质组分析.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 基于洗剂的工作流程,特别是使用二硫酸盐 (SDS) 的工作流程,需要在质谱仪 (MS) 之前进行大量的洗剂去除步骤.
- 这些去除步骤可能会对蛋白质恢复,酶消化的一致性和MS信号的可靠性产生负面影响,阻碍定量蛋白质组学.
- 开发强大的样本准备方法对于准确和可重复的蛋白质组分析至关重要.
研究的目的:
- 为了验证基于洗剂的样本准备工作流程,用于定量蛋白质组学.
- 评估使用基于子的蛋白质沉用于SDS耗尽的自下而上的蛋白质战略的精度.
- 为了比较这种新工作流与传统方法的性能.
主要方法:
- 开发了一种自下而上的样本准备策略,其中包括用有机溶剂以子为基础的蛋白质沉来去除SDS.
- 使用数据独立获取 (SWATH-MS) 来进行定量分析.
- 在SWATH-MS数据的变异被建模为质信号强度的函数,以隔离样本准备错误.
主要成果:
- 在SDS辅助的弹工作流程中,实现了13-14%的方差系数 (CV).
- 传统的溶液消化导致CV显著增加,达到50%.
- 凝内消化产生了14%至20%的CV,与新工作流程相比.
结论:
- 经过验证的基于洗剂的沉工作流提供了一种可靠的方法,用于深入的,无标签的定量蛋白质组分析.
- 这种方法通过提高精度和减少变异性来提高全球比较蛋白质组学数据的有效性.
- 这些发现支持采用这种工作流来进行更一致,更准确的蛋白质组研究.
