使用移动纳米孔测序实验室进行Plasmodium falciparum的端到端基因组监测:可行性研究

科学领域:

• 基因组流行病学基因组流行病学
• 分子诊断学 分子诊断学
• 寄生虫学的寄生虫学

背景情况:

• 基因组流行病学对于疟疾控制和消除至关重要,它提供了关于Plasmodium falciparum遗传多样性和耐药性的见解.
• 流行地区的测序基础设施有限,阻碍了用于疟疾监测的快速基因组数据生成.

研究的目的:

• 开发和验证使用移动实验室在特有环境中对Plasmodium falciparum进行纳米孔测序试验.
• 针对关键的抗疟疾药物耐药性标志物和微型型进行快速基因定型.

主要方法:

• 开发了多重PCR测定,放大了6种微型和10种药物耐药性标志物.
• 创建了一个生物信息学工作流程,用于基因定型多克隆感染,包括少数克隆.
• 在干血斑点 (DBS) 和快速诊断测试 (RDT) 样本上进行了验证的测定,证明了高读数覆盖率和准确性.

主要成果:

• 桑给巴尔的实地测试表明,为疟疾消除计划快速生成数据 (天).
• 在dhfr,dhps和mdr1基因中确定了已知的抗疟疾耐药性标志物;没有检测到甲素耐药性.
• 观察到高的微型多样性 (中位数HE=0.94) 和频繁的多克隆感染 (60%).

结论:

• 开发的纳米孔测序试验在特有环境中快速提供可操作的基因组数据.
• 确定了在特有国家实施纳米孔测序的挑战,以加快疟疾控制和消除工作.