猪-eRNAdb:一个全面的增强剂和猪的eRNA数据集
Yifei Wang1, Weiwei Jin2, Xiangchun Pan1
1Guangdong Provincial Key Laboratory of Agro-Animal Genomics and Molecular Breeding, Guangdong Laboratory of Lingnan Modern Agriculture, National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry, State Key Laboratory of Swine and Poultry Breeding Industry, College of Animal Science, South China Agricultural University, Guangzhou, 510642, China.
Scientific data
|February 1, 2024
概括
猪-eRNAdb是一个新的数据集,整合了猪增强剂和增强剂RNA (eRNA). 此资源有助于研究猪的基因调节和特征关联.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 增强剂和增强剂RNAs (eRNAs) 在基因转录调节中发挥着关键作用.
- 了解这些元素对于破译复杂的生物过程至关重要.
研究的目的:
- 开发Pig-eRNAdb,一个全面的数据集,整合猪的增强剂和eRNAs.
- 为研究猪基因调节提供一个用户友好的资源.
主要方法:
- 使用了来自公共数据库的多omics数据 (ATAC-seq,ChIP-seq,RNA-seq).
- 应用机器学习策略用于数据集成和分析.
- 从15个猪组织中收集了607个样本的数据.
主要成果:
- 集成了 82,399 个增强器和 37,803 个 eRNA.
- 有注释的调节器,目标基因,组织特异性和家庭 eRNA.
- 提供了猪eRNA与人类对应物的序列相似性.
- 包括652个特征的特定组织的eRNA特征关联.
结论:
- 猪-eRNAdb作为猪基因组学研究的宝贵参考数据集.
- 促进对增强器和eRNA功能及其在特征中的作用的调查.
- 能够更深入地了解猪的转录调节.
