一个可靠的转录基因风险评分,适用于甲固定嵌生物检查,改善局部前列腺癌的预测结果
Michael Rade1, Markus Kreuz1, Angelika Borkowetz2
1Department of Diagnostics, Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology, Leipzig, Germany.
Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
|February 2, 2024
概括
一种新的基因表达特征,ProstaTrend-ffpe,使用FFPE活检准确预测前列腺癌复发. 这种工具有助于早期诊断和临床决策,用于前列腺癌管理.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子诊断学 分子诊断学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 前列腺癌 (PCa) 呈现出可变的临床行为,需要准确预测治疗决策.
- 之前的ProstaTrend RNA签名的开发依赖于新鲜的组织,限制其应用于甲固定嵌入式 (FFPE) 活检.
- 对于使用FFPE样本进行常规PCa诊断的可靠诊断工具的需求至关重要.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的预后基因表达签名,适用于前列腺癌的FFPE活检.
- 完善现有的ProstaTrend签名,以克服与FFPE相关的降解,并确保广泛适用.
- 对现有PCa面板进行精制签名的预后性能评估,并将基因表达与细胞组件相关联.
主要方法:
- 对176个FFPE前列腺癌活检的全转录组分析,以过和改进ProstaTrend基因签名.
- 回归分析以识别和排除易受FFPE降解的基因.
- 在FFPE队列和九个独立的公共数据集中使用卡普兰-梅尔曲线和考克斯回归模型进行验证.
- 开发前列腺单细胞图谱,以分析不同细胞类型的基因表达.
主要成果:
- 原始ProstaTrend签名在FFPE活检中没有显著的预后关联,原因是降解.
- 精制的ProstaTrend-ffpe签名,包括204个基因,在FFPE活检 (p < 0.001) 和独立队列中显示出与生化复发 (BCR) 有显著的关联.
- ProstaTrend-ffpe被列为表现最好的预后面板之一,并显示瘤细胞基因表达,格里森得分和BCR之间的相关性.
结论:
- 一种针对前列腺癌的强有力的预后基因表达特征 (ProstaTrend-ffpe) 已被开发用于FFPE活检.
- 这种新型的签名显示出显著的预后价值和在常规PCa诊断中支持临床决策的潜力.
- 这些发现突显了FFPE样本在开发可靠的瘤分子诊断工具方面的实用性.
