通过使用LAMP和ARMS-PCR来检测SARS-CoV-2及其变体的综合方法

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 病毒学 病毒学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 由于COVID-19的流行,需要快速且易于使用的诊断工具,特别是在资源有限的环境中.
• 检测SARS-CoV-2的传统RT-PCR方法是准确的,但成本高,资源密集.
• 识别像Q57H这样的特定突变对于跟踪病毒进化和传播至关重要.

研究的目的:

• 开发和验证用于检测SARS-CoV-2的具有成本效益的RT-LAMP试验.
• 实施ARMS-PCR以有效识别SARS-CoV-2中的Q57H突变.
• 评估这些方法在发展中国家的可行性.

主要方法:

• 从口腔大口腔抽样中分离RNA.
• 使用聚合原料向ORF1ab,N和S基因的RT-LAMP测定,通过色度测量进行评估.
• 通过ARMS-PCR和测序来确认Q57H突变.

主要成果:

• 在212个样本中,RT-LAMP在134个样本中检测到SARS-CoV-2,敏感度为95.5%,特异性为93.5%.
• 在18.5%的阳性样本中,ARMS-PCR检测出了Q57H突变.
• 这两种方法都证明了与内部和商业试剂的有效性.

结论:

• RT-LAMP是一种敏感和特定的方法,用于在资源有限的人群中查SARS-CoV-2.
• ARMS-PCR提供了一种有效的手段来检测流行的SARS-CoV-2突变,如Q57H.
• 综合方法为发展中国家的传染病监测提供了一个实际的解决方案.