基于PacBio平台的Platycladus orientalis的全长转录组表征
Ting Liao1, Linyi Zhang1, Ye Wang1
1Institute of Forestry and Pomology, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, China.
Frontiers in genetics
|February 2, 2024
概括
这项研究为Platycladus orientalis,一个重要的中国针叶树,提供了第一个全长的转录组. 这种资源为了解其分子机制和推进遗传育种工作开辟了新的途径.
科学领域:
- 植物学 植物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 普拉提克拉杜斯 (Platycladus orientalis) 是一种中国本土的针叶树,具有多样化的应用.
- 缺少基因组和转录基因组数据阻碍了分子研究和基因功能研究.
研究的目的:
- 为Platycladus orientalis.开发一个全面的,全长的参考转录组.
- 为未来的遗传和分子研究提供基础资源.
主要方法:
- 使用PacBio平台进行单分子实时 (SMRT) 测序.
- 来自五个不同部位和四个形发育阶段的组织分析.
- 生物信息分析用于异形检测,基因注释和调节元件的识别.
主要成果:
- 37,111个异构体的组装,N50为2,317 nt.
- 识别了36,120个编码序列,5645个SSR,1,201个lncRNA和182个AS事件.
- 标注了96.17%的转录,并确定了1659个转录因子和385个与激素相关的转录.
结论:
- 生成的全长转录组是Platycladus orientalis的开创性资源.
- 这一数据集将促进对基因功能,分子机制和遗传育种的未来研究.
- 能够更深入地了解P. orientalis生态和经济重要性的遗传基础.


