通过毛细血管电泳和生物层干涉计测,对与SARS-CoV-2 N蛋白结合的阿巴坦体进行比较分析

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 分析化学 分析化学

背景情况:

• 阿普塔默是SARS-CoV-2治疗诊断的宝贵工具.
• 对它们的应用来说,特征化阿巴 - 蛋白相互作用至关重要.
• 结合亲和力,包括平衡解离常数 (K_D),是一个关键参数.

研究的目的:

• 为了表征体与SARS-CoV-2核体 (N) 蛋白的结合.
• 为了比较使用毛细管电泳 (CE) 和生物层干涉测量 (BLI) 的阿普坦体特征.
• 调查影响阿巴胺蛋白结合测量的因素.

主要方法:

• 使用毛细血管电泳 (CE) 评估了阿普塔默与SARS-CoV-2 N蛋白质的结合.
• 还使用生物层干扰计 (BLI) 评估了阿普塔默的结合.
• 均衡分离常数 (K_D) 的值通过这两种方法来确定.

主要成果:

• 与BLI相比,CE在所有测试的体中产生了较高的K_D值.
• 通过CE获得的K_D值为18 ± 4nM (tNSP1),45 ± 11nM (tNSP2) 和32 ± 7nM (tNSP3).
• 根据BLI的K_D值为4.8±0.6nM (tNSP1),4.5±0.5nM (tNSP2) 和2.9±0.3nM (tNSP3).这些值均为4.8±0.6nM (tNSP1),4.5±0.5nM (tNSP2) 和2.9±0.3nM (tNSP3).

结论:

• 方法上的差异 (溶液与不移动的体) 影响K_D测量.
• 固体阻碍,形状变化和缓冲条件影响着体蛋白相互作用.
• 一个单一的K_D值是不够的;实验设置必须考虑aptamer比较.