通过实施使用外体序列测序的短串重复分析来进行诊断提升.
Jihoon G Yoon1, Seungbok Lee1,2, Jaeso Cho1,2
1Department of Genomic Medicine, Seoul National University Hospital, Seoul, Republic of Korea.
European journal of human genetics : EJHG
|February 2, 2024
概括
将短串重复 (STR) 分析集成到外基因组测序中,可以显著改善神经遗传障碍的诊断. 这种方法发现了新的遗传条件,并扩大了对特定种群中重复扩张的理解.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 在
- 神经遗传学 神经遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 已知有50多种短串重复 (STR) 疾病,但临床外基因组测序很少包括STR分析.
- 神经遗传障碍通常涉及重复扩张,需要先进的诊断工具.
- 将STR分析纳入外体序列测序的诊断收益率仍未得到充分研究.
研究的目的:
- 评估在外体序列数据中分析短串重复 (STR) 的诊断实用性.
- 在疑似神经遗传性疾病的个体中识别致病性重复扩张.
- 确定在韩国人口中扩展ATXN1等位基因的流行率.
主要方法:
- 用ExpansionHunter和REViewer进行STR分析,分析了来自2510个家庭的6099个出口.
- 通过直角验证方法确认检测到的致病性重复扩张.
- 对被诊断的个体进行了基因型-表型相关性.
主要成果:
- 从7个以前未被诊断的家庭中诊断出13个个体,确定了三个自体主导性疾病:牙骨-骨缩症,脊髓小脑缩症7型和肌性缩症1型.
- 通过对外体的STR分析,通过STR分析获得0.28% (7/2510) 的诊断效果.
- 在12个个体中确定扩展的ATXN1基因 (≥39次重复),占韩国研究人口的0.19%.
结论:
- 将STR分析集成到外基因测序管道中可以提高神经遗传障碍的诊断能力.
- 可以扩展外体序列,以有效评估STR,提高诊断产量.
- 这项研究强调了STR分析在识别遗传疾病方面的临床意义.


