差异性自身基因网络分析揭示了人类肝细胞系HepG2中的[a]pyrene和2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin共识调节网络

科学领域:

• 毒理学 毒理学 毒理学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 亚利碳化合物受体 (AHR) 调解了 (BaP) 和二氧化 (TCDD) 的毒性作用.
• BaP的新陈代谢与TCDD不同,这使得他们共同的毒性途径的理解变得复杂.
• 一个复杂的转录网络可能是BaP和TCDD的共同不良影响的基础.

研究的目的:

• 阐明BaP和TCDD毒性的共同监管机制.
• 分析暴露于BaP和TCDD的人类肝细胞 (HepG2) 的转录组数据.
• 为了确定基因之间的相关性,并了解共享的AHR介导途径.

主要方法:

• 转录学数据的差异化自身网络分析.
• 将基因分组为元模块和时间集群 (12,24,48小时).
• 确定AHR和转录因子 (TF) 之间的直接和间接相互作用.

主要成果:

• 确定了11个元模块和3个共识时间集群.
• 共识基因直接或间接受到AHR和TFs的调节.
• 常见的生物过程包括所有时间点的DNA损伤反应.
• 确定了直接 (例如,ESR1,FOXA1) 和间接 (例如,CTCF,RXRA) 的AHR-TF相互作用.

结论:

• 确定了BaP和TCDD共同的共识转录监管网络.
• 这个网络涉及直接的AHR目标和AHR-TF交互.
• 为肝细胞中基因毒性 (BaP) 和非基因毒性 (TCDD) 化学物质的共享作用机制提供了新的见解.