在使用GWAS总结统计数据的家庭样本中进行基因关联测试
Peng Wang1, Xiao Xu2, Ming Li2
1Department of Epidemiology and Biostatistics, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Hubei, People's Republic of China.
新的方法允许基于基因的关联测试使用全基因组关联研究 (GWAS) 从家庭样本的总结统计数据. 这种方法适应了现有的工具,用于与人无关的个体,使得更广泛的遗传研究能够在没有个人级别数据的情况下进行.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 统计遗传学 统计遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 全基因组关联研究 (GWAS) 使用总结统计数据识别与表型相关的遗传变异.
- 目前的基因基因测试需要个人级别的数据,或者仅限于非相关的个体.
- 线性混合模型 (LMMs) 在家族样本中对GWAS有效,但对基于统计的总结基因测试构成挑战.
研究的目的:
- 开发一种基于基因的关联测试方法,使用使用LMM分析的家族样本的GWAS总结统计数据.
- 适应现有的基于统计的概要方法,用于与无关的个人,以家庭数据.
主要方法:
- 通过链接不平衡矩阵来近似边际Z分数的相关性矩阵.
- 在LMMs中利用亲属矩阵的对角块结构.
- 将现有的基于基因的关联测试方法直接应用于家族数据,用于与无关的个人.
主要成果:
- 拟议的策略有效地控制了各种场景中的模拟中的1型错误率.
- 该方法允许直接将当前基于统计数据的总结测试应用于家庭数据.
- 这种方法在牙损GWAS数据集上得到了成功的证明.
结论:
- 基于基因的关联测试可以在使用LMMs的GWAS总结统计数据的家庭样本上进行.
- 开发的方法扩大了基于家庭的基因研究的公开可用的GWAS总结统计数据的实用性.
- 这种方法有助于在家族队伍中更广泛的遗传发现.
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