基于长读测序的转录组景观在longissimus dorsi和转录组广泛的关联研究对肉的生长特征的肉
Xianbo Jia1, Zhe Kang1, Guozhi Wang1
1Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China.
Frontiers in veterinary science
|February 6, 2024
概括
这项研究使用长读测序绘制了子肌肉转录组的地图,揭示了新的基因和转录. 虽然全球基因表达影响生长,但没有一个基因与肉生长特征有显著的关联.
科学领域:
- 动物基因组学 动物基因组学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 畜牧科学 畜牧科学 畜牧科学
背景情况:
- 子是高效的牲畜,但它们的肌肉转录组景观和基因表达与生长的联系仍未得到充分研究.
- 了解子肌肉基因表达对于改善肉类生产和遗传评估至关重要.
研究的目的:
- 为了全面探索子Longissimus dorsi肌肉中的转录基因景观.
- 使用全转录组关联研究 (TWAS) 调查肉的基因表达水平和生长特征之间的关联.
主要方法:
- 采用牛津纳米孔技术 (ONT) 在115只子的长读测序84天的年龄.
- 通过混合线性模型计算多基因效应,对体重和平均每日增长进行TWAS.
- 检测到18,842个基因和42,010个转录,其中很大一部分是新的.
主要成果:
- 鉴定了18.842个基因和42.010个转录,其中35%的基因和47%的转录是新的.
- 发现45%的基因在个体之间得到广泛表达.
- 观察到全基因组基因表达解释了生长中的显著表型变异 (0.5010.956),但没有单个基因或转录显示出与TWAS.在TWAS.的生长特征具有统计学意义的关联.
结论:
- 该研究为子的转录多样性提供了宝贵的资源,特别是在肌肉组织中.
- 全球基因表达显著导致肉生长表现的表型变化.
- 未来对肉生长特征的遗传评估可能会从纳入中间的OMIC数据中获益.
