在不同的实验条件下,选择和验证Ophiocordyceps sinensis中RT-qPCR的参考基因
Li He1, Jin Yi Wang1, Qiang Jun Su1
1School of Biological and Pharmaceutical Engineering, Lanzhou Jiaotong University, Lanzhou, GanSu, P. R. China.
PloS one
|February 6, 2024
概括
确定稳定的参考基因对于药用Ophiocordyceps sinensis的精确基因表达分析至关重要. 这项研究发现,18S rRNA和β-Tubulin是Ophiocordyceps sinensis基因表达研究中最稳定的基因.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 有价值的药用Ophiocordyceps sinensis需要可靠的基因表达分析.
- 参考基因对于将Ophiocordyceps sinensis.的基因表达数据正常化至关重要.
研究的目的:
- 为了评估16个候选参考基因在Ophiocordyceps sinensis中的表达稳定性.
- 在各种条件下确定最适合用于定量基因表达分析的参考基因.
主要方法:
- 使用了三个统计算法:BestKeeper,NormFinder和geNorm. 这三种算法.
- 在不同发育阶段和压力条件 (低温,光,NaCl) 中评估了16个候选参考基因.
主要成果:
- 18S核糖体RNA (18SrRNA) 和β-Tubulin (β-TUB) 呈现出最高的整体表达稳定性.
- 最佳参考基因因别于具体的实验条件 (发育阶段,压力).
- 发现氨酸酸酶 (GGT) 和糖异构酶 (PGI) 是最不稳定的.
结论:
- 两个参考基因足以在Ophiocordyceps sinensis中进行准确的正常化.
- 选择适当的参考基因对于可靠的RT-qPCR分析在Ophiocordyceps sinensis中至关重要.
