整合性的开放工作流程,用于对MSE/DIA代谢学数据的自信注释和分子网络
Albert Katchborian-Neto1, Matheus F Alves1, Paula C P Bueno1,2
1Chemistry Institute, Federal University of Alfenas, 37130-001, Alfenas, Minas Gerais, Brazil.
Briefings in bioinformatics
|February 7, 2024
概括
一个新的工作流,DIA-IntOpenStream,简化了处理复杂的质谱数据的代谢学. 这种开源工具增强了代谢物识别和分子网络,提高了研究可重复性.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 液体染色学与高分辨率质谱测量数据独立获取 (LC-HRMS/DIA) 结合起来,包括MSE,对代谢学具有强大作用.
- 然而,数据处理,自动注释和分子网络 (MN) 存在重大挑战.
- 现有的专有软件和非通用数据格式限制了整合性分析.
研究的目的:
- 介绍DIA-IntOpenStream,一个使用开源软件的集成工作流.
- 简化对MSE数据的处理,以便进行增强的代谢学分析.
- 提高复杂的MSE/DIA研究的可访问性,可靠性和可重复性.
主要方法:
- DIA-IntOpenStream 结合了开源软件用于 MSE 数据处理.
- 它允许自定义数据库构建和将MSE原始数据转换为.mzML格式.
- 工作流利用MZmine 3和MS-DIAL进行注释和MN解释.
主要成果:
- 管道促进了自信的注释和有效的MN数据解释.
- 通过两个独立的数据集证明了实用性:ocatea植物提取物和actinobacterial提取物.
- 显著提高了MSE/DIA研究的可访问性,可靠性和可重复性.
结论:
- DIA-IntOpenStream克服了专有软件和非通用数据格式的局限性.
- 这种用户友好的管道促进了更广泛地采用先进的MS工具.
- 它在协作和开放的研究环境中加速代谢物发现.


