在普通鱼中的亚基因组T细胞受体α和delta (TRA/TRD) 位点
Masaharu Okano1, Jiro Miyamae2, Kohei Sakurai3
1Department of Legal Medicine, Nihon University School of Dentistry, Kanda-Surugadai 1-8-13, Chiyoda-Ku, Tokyo, 101-8310, Japan.
Fish & shellfish immunology
|February 7, 2024
概括
这项研究确定了第一个具有多个T细胞受体α/delta (TRA/TRD) 基因位点的动物,由于基因组重复而在常见鱼中发现. 这些发现揭示了对脊椎动物免疫谱系演变的见解.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 脊椎动物通常具有单个染色体,其中包含嵌套的T细胞受体α (TRA) 和delta (TRD) 基因.
- 全基因组复制 (WGD) 对免疫基因组织的进化影响,特别是TRA/TRD位点,在鱼类中仍然基本未被探索.
研究的目的:
- 为了执行TRA/TRD基因组区域的第一个完整的注释,在普通鱼中,一个合四类物种.
- 调查鱼类特异性WGD对TRA/TRD位点的组织和演变的影响.
主要方法:
- 对TRA/TRD基因 (V,J,C,D基因) 的全基因组注释,以构建精细的基因组图.
- 与斑马鱼进行比较合成分析,以评估基因组区域的保护.
- 在单克隆T细胞系中分析可变基因区域,以确认基因组重组.
主要成果:
- 在普通鱼中,在不同的染色体 (LG30和LG22) 上确定了两个不同的TRA/TRD基因组区域 (亚位点),这是动物中的新发现.
- 与斑马鱼相比,记录了这些区域的高度保存的结构和合成,这表明了个体染色体的定位.
- 发现了非常多的TRA/TRD变量 (V) 基因 (285个),大约是斑马鱼的两倍,具有明显的重组信号序列 (RSS),可能会指导链特定的V基因使用.
结论:
- 常见的鱼是第一个报告的动物物种,具有多个亚基因组TRA/TRD位点,这是WGD的结果.
- 这些发现为脊椎动物中由WGD塑造的免疫谱的扩张和潜在多样化提供了基本的见解.
