从患者中分离出来的产生cAmpC (CMY-41) 的Citrobacter freundii ST64的基因组分析
Daniel F M Monte1, Narjol Gonzalez-Escalona2, Guojie Cao2
1Department of Animal Science, College for Agricultural Sciences, Federal University of Paraiba (CCA/UFPB), Areia, PB 58397000, Brazil.
Letters in applied microbiology
|February 8, 2024
概括
这项研究测序了多药耐药Citrobacter freundii的基因组,揭示了blaCMY-41基因和对关键抗生素的耐药性. 这些发现凸显了这种涉及病原体的洲际传播潜力.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 在Citrobacter freundii中的抗生素耐药性构成了严重的公共卫生威胁.
- 这项研究的重点是从与沙门氏菌爆发有关的住院患者中分离出的C. freundii.
研究的目的:
- 为了进行全基因组测序和深入的基因组分析的多药耐药性C. freundii隔离.
- 识别抗微生物耐药性基因并评估分离物的基因关系.
主要方法:
- 使用纳米孔技术进行全基因组测序 (MinION,Flongle).
- 基因组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP). 基因组组组组装 (SPAdes,Unicycler) 和注释 (NCBI PGAP).
- 基因组分析包括MLST,ResFinder,PlasmidFinder,VFanalyzer和家族遗传学比较 (CFSAN-SNP,GARLI). 基因组分析包括MLST,ResFinder,PlasmidFinder,VFanalyzer和家族遗传学比较 (CFSAN-SNP,GARLI) 在内. 通过微稀释 (Sensititre®) 进行抗菌敏感性测试.
主要成果:
- 隔离的C. freundii被分配了序列类型64 (ST64).
- 确定了赋予耐药性的blaCMY-41基因.
- 证实了对阿兹特雷诺姆,素,素,阿莫西西林/克拉夫兰酸,硫非索克萨,安比西林和链杆菌素的耐药性.
- 遗传学分析显示,与坦桑尼亚的菌株密切相关,并与国际临床隔离物聚集在一起,表明广泛传播.
结论:
- 在C. freundii的ST64分离物中存在blaCMY-41基因,并表现出多种药物耐药性.
- 基因组数据和遗传学分析表明,这种C. freundii血统的成功跨大陆传播.
