使用ATAC-seqq进行在流体剪切应力下培养的人体内皮细胞的染色质可访问性分析的协议
Lion Raaz1, Paul-Lennard Mendez2, Stefan Mundlos3
1Max Planck Institute for Molecular Genetics, 14195 Berlin, Germany; Institute of Chemistry and Biochemistry, Freie Universität Berlin, 14195 Berlin, Germany; Institute of Medical and Human Genetics, Charité Universitätsmedizin, 13353 Berlin, Germany.
STAR protocols
|February 8, 2024
概括
这项研究提出了一项检测转化酶可访问的高通量测序 (ATAC-seq) 染色质的检测方案,用于暴露于流体剪切应力 (FSS) 的内皮细胞. 这种方法可以分析机械刺激细胞中的基因调节.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 心血管研究研究心血管研究
背景情况:
- 染色体的可访问性对于基因调节至关重要.
- 用高通量测序 (ATAC-seq) 测定转化酶可访问的染色质,量化染色质的可访问性.
- 流体剪切应力 (FSS) 在心血管健康和疾病中起作用.
研究的目的:
- 建立在微流体道中培养的内皮细胞的ATAC-seq分析协议.
- 为了研究体外流体剪切应力 (FSS) 对内皮细胞中染色质可访问性的影响.
- 为了使在机械刺激下对阿瑟罗和阿瑟罗保护机制的研究.
主要方法:
- 在微流体通道内培养内皮细胞.
- 在不同速率下应用受控流体剪切应力 (FSS).
- 收集细胞用于随后的ATAC-seq库准备.
- 可选地包括增长因子刺激.
主要成果:
- 在机械刺激的内皮细胞中,ATAC-seq的成功适应.
- 用不同的FSS速率和可选刺激来证明协议的灵活性.
- 提供了一种分析由于机械力导致的染色质可访问性变化的方法.
结论:
- 开发的协议将ATAC-seq的应用扩展到体外机械刺激细胞.
- 促进研究内皮细胞中的机械传导.
- 一个有价值的工具,用于心血管研究和理解动脉动脉生成.
