构建单细胞跨物种染色质可访问性景观,使用基于组合杂交的ATAC-seqq
Guodong Zhang1, Yuting Fu2, Lei Yang2
1Bone Marrow Transplantation Center of the First Affiliated Hospital, and Center for Stem Cell and Regenerative Medicine, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou 310000, China; Liangzhu Laboratory, Zhejiang University, Hangzhou 311121, China.
Developmental cell
|February 8, 2024
概括
这项研究介绍了CH-ATAC-seq,这是一种新的方法,用于绘制不同物种中单细胞可访问的染色质的图谱. 它揭示了脊椎动物和无脊椎动物之间保存的基因调节,推进了比较表观基因组学.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 单细胞基因组学的进步受到非哺乳动物物种缺乏调节元素图的限制.
- 在脊椎动物和无脊椎动物中探索保护的监管计划需要新的基因组工具.
研究的目的:
- 开发一种用于不同物种单细胞可访问的染色体映射的新方法.
- 在脊椎动物和无脊椎动物中识别保存和分离的基因调节元素和网络.
主要方法:
- 开发了CH-ATAC-seq,一种基于组合混合的方法,用于使用测序 (scATAC-seq) 检测转化酶可访问的染色质的单细胞测定.
- 将CH-ATAC-seq应用于斑马鱼,虫和地.
- 整合了来自人类,子和小鼠的scATAC-seq数据.
- 使用四种脊椎动物的scRNA-seq数据构建了一个大规模的基因调节网络 (GRN).
主要成果:
- 产生了单细胞可访问的斑马鱼,虫和地的染色体景观.
- 在物种中确定了152种不同的主要细胞类型和大约080万个细胞类型特定的候选 cis-调节元件 (cCREs).
- 揭示了神经,肌肉和免疫系的保存,与上皮细胞中更高的异质性形成鲜明对比.
- 为四种脊椎动物物种建立了一个全面的GRN.
结论:
- 在非模型生物中,CH-ATAC-seq可以构建单细胞可访问的色素景观.
- 这项研究为比较表观基因组学提供了宝贵的资源,突出了保存和分离的基因调节.
- 研究结果提供了对细胞类型身份和功能在不同种类中的进化基础的见解.
