使用保存的标记基因对Microcystis菌株多样性的比较基因组分析
E Anders Kiledal1, Laura A Reitz1, Esmée Q Kuiper1
1Department of Earth and Environmental Sciences, University of Michigan, 2534 North University Building, 1100 North University Avenue Ave, Rm. 2004, Ann Arbor, MI 48109-1005, USA.
新的基因标记物提高了Microcystis菌株的成本效益识别,这对于监测有害藻类繁殖至关重要. 这些标志物有助于了解微囊的多样性,并预测淡水生态系统中毒素的产生.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 水生生态学 水生生态学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 微囊占主导地位的菌有害藻类繁殖 (cyanoHABs) 对淡水生态系统和人类健康构成全球威胁.
- 全基因组测序是准确的,但对于特征Microcystis多样性来说是昂贵的.
- 安普利康测序提供了一种具有成本效益的替代方案,但需要优化标记基因和原始基因.
研究的目的:
- 为了确定Microcystis菌株多样性的可靠的家族遗传标记.
- 评估这些标记物的预测全基因组含量和生物活性化合物基因型的能力.
- 开发和验证用于Microcystis的amplicon测序的新型原料.
主要方法:
- 对 2,351 个核心基因进行了植物遗传学分析,以对比已建立的 Microcystis 植物遗传学.
- 对预测全基因组含量和生物活性化合物基因型的标记基因的评估.
- 用Microcystis基因组进行安普利康测序和验证的Illumina兼容原料的开发.
主要成果:
- 识别了单拷贝核心基因,这些基因的分辨率比以前使用的标记物更高.
- 开发了新型原料,可以提供近乎完整的基因组覆盖,并优于Microcystis菌株组成分析的现有选择.
- 证明遗传标记可以推断Microcystis基因含量和表型,包括生物活性化合物生产,精度不同.
结论:
- 新的遗传学标记物和原始物使得Microcystis菌株多样性的表征更加准确和负担得起.
- 这些工具对于监测和建模有害藻类繁殖有价值.
- 遗传标记可以作为Microcystis功能特征和毒素潜力的代理.
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