在前列腺癌中个性化检测TMPRSS2-ERG融合状态:基于等级的定性转录组签名

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子诊断学 分子诊断

背景情况:

• TMPRSS2-ERG (T2E) 融合与侵袭性前列腺癌 (PC) 有关,并为治疗提供信息.
• 目前的T2E融合预测工具缺乏准确性,生物标志物依赖平台.
• 需要一种准确,普遍适用的方法来确定个人PC患者的T2E融合状态.

研究的目的:

• 开发一种转录组签名,以在个人层面上检测前列腺癌中T2E融合状态.
• 为T2E融合创建一个独立于平台的定性生物标志物.
• 为了提高诊断准确度和帮助个性化PC管理.

主要方法:

• 开发了一个基于排名的算法,使用来自Sboner数据集 (n=272) 的mRNA表达特征.
• 识别了5个ERG-mRNA对 (5-ERG-mRP) 的特征,以检测T2E融合.
• 在三个独立的数据集 (Setlur,Clarissa,TCGA) 中验证了签名,共计1223个样本.

主要成果:

• 5-ERG-mRPs签名在检测T2E聚变方面取得了很高的准确性:84.56% (Sboner),82.20% (Setlur) 和81.36% (Clarissa).
• 在TCGA数据中 (n=495),由5-ERG-mRPs识别的亚型在T2E融合特征方面比STAR-Fusion具有更大的意义.
• 该签名在各种数据集和平台上展示了强大的性能.

结论:

• 5-ERG-mRP的特征可靠地检测T2E融合在个人水平前列腺癌.
• 这种定性签名是无平台的,不需要特定的规范化,增强了其临床实用性.
• 5-ERG-mRP可以作为前列腺癌患者管理的宝贵辅助工具.