基于DSBSO的乳腺癌PDX组织XL-MS分析,以确定临床样本中的蛋白相互作用网络
Fenglong Jiao1, Clinton Yu1, Andrew Wheat1
1Department of Physiology and Biophysics, University of California, Irvine, California 92697, United States.
Journal of proteome research
|February 9, 2024
概括
这项研究成功地在乳腺癌患者样本中绘制了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI),使用体内交叉链接质谱法 (XL-MS). 开发的工作流允许从临床组织中对疾病相关的细胞网络进行未来分析.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 对细胞功能至关重要,它们的失调与癌症等疾病有关.
- 交叉连接质谱 (XL-MS) 是研究PPI在蜂网络中的强大技术.
- 在此之前,XL-MS还没有被应用于临床样本.
研究的目的:
- 建立和验证一个体内XL-MS平台,用于分析临床样本中的PPI.
- 为了绘制乳腺癌患者衍生异种移植 (PDX) 模型的相互作用格局.
- 确定特定疾病的PPI,并将其与蛋白质丰富度相关联.
主要方法:
- 使用基于DSBSO的体内XL-MS平台.
- 将平台应用于两个乳腺癌PDX模型.
- 进行了基于TMT的蛋白质组量计,用于比较分析.
主要成果:
- 产生了一个PDX相互作用网络,包括2,557个人类蛋白质.
- 已确定乳腺癌亚型特定的PPI.
- 观察到改变的PPI与蛋白质丰度变化之间存在强烈的相关性.
结论:
- 在临床样本中证明了XL-MS分析的可行性.
- 建立了用于组织交叉链接和PPI映射的通用化工作流.
- 它为从患者样本中剖析疾病相关的细胞网络铺平了道路.
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