通过变化自编码器对有针对性的质谱测量进行染色学峰值质量的系统评估
Chi Yang1, Yung-Chin Hsiao1,2,3, Chi-Ching Lee4,5,6
1Molecular Medicine Research Center, Chang Gung University, Taoyuan 33302, Taiwan.
一个新的评分功能,目标质谱质量编码器 (TMSQE),客观地评估质谱质量的染色学峰值质量. 这种方法通过识别有问题的峰值选择,提高蛋白质和代谢物的量化来提高准确性.
科学领域:
- 生物化学和分析化学的研究.
- 生物技术和生物信息学
背景情况:
- 针对性质谱对于量化蛋白质和代谢物至关重要.
- 准确的峰值选择对于可靠的量化至关重要.
- 自动化软件通常需要对峰值采集错误进行手动校正.
研究的目的:
- 开发一个客观的评分功能,用于评估目标质谱中的峰值选择.
- 为了质量控制,识别有问题的峰值采摘事件.
主要方法:
- 开发了针对性质谱质量编码器 (TMSQE),这是一个数据驱动的评分功能.
- 在一个由1,703,827个峰值组组成的大数据集上利用无监督学习.
- 在过渡,峰值组和交叉样本一致性级别评估了峰值质量.
主要成果:
- TMSQE为客观的染色体峰值质量评估提供了可靠的标准.
- 评分功能显示了与专家评估的高度一致性.
- TMSQE有效地识别了自动化软件错过的有问题的峰值采集案例.
结论:
- 在目标质谱学中,TMSQE提供了一种可靠的解决方案,用于一致和准确的峰值质量评估.
- 该方法有助于提高定量蛋白质组学和代谢组学的峰值质量控制.
- 在和代谢物数据集中证明了概括性.
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