免疫镜:基于机器学习的集成管道和Web服务器用于新抗原预测
Gulam Sarwar Chuwdhury1, Yunshan Guo2, Chi-Leung Chiang1
1Department of Clinical Oncology, Center of Cancer Medicine, School of Clinical Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, University of Hong Kong, Hong Kong (SAR), P. R. China.
Briefings in bioinformatics
|February 12, 2024
概括
来自瘤突变的新抗原可以触发抗瘤免疫反应. 一个新的工具ImmuneMirror准确地预测新抗原,并识别可能对PD-1阻塞疗法没有反应的患者子组.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 新抗原来自体质突变,可以引起T细胞对瘤的反应.
- 识别新抗原对于开发向癌症免疫疗法至关重要.
- 现有的新抗原预测方法需要全面评估.
研究的目的:
- 开发和验证ImmuneMirror,一个开源管道和Web服务器用于新抗原预测和优先级.
- 将ImmuneMirror应用于胃肠道癌症数据,以确定新的治疗点和患者子组.
- 评估新抗原负载在预测对微卫星不稳定性高的结直肠癌患者PD-1阻塞反应的有用性.
主要方法:
- 开发了一个平衡的随机森林模型用于新抗原预测,在实验验证的新上进行训练.
- 使用独立测试数据验证了模型,实现曲线下的面积为0.87.
- 应用ImmuneMirror对805名胃肠道癌症患者 (CRC,ESCC,HCC) 的全外和RNA测序数据进行了应用.
主要成果:
- 确定了一个微卫星不稳定性高 (MSI-H) 大肠直肠癌 (CRC) 患者的子组,这些患者的瘤突变负担很高,但新抗原负载很低.
- 这个子组对MHC类I和II分子的新抗原呈现明显较低,这表明可能对PD-1封锁没有反应.
- 在受HLA-A02.02限制的食道状细胞癌 (ESCC) 中发现了一种特定的可操作新 (YMCNSSCMGV-TP53G245V).
结论:
- 免疫镜是用于新抗原预测和优先级的可靠和有效工具.
- 新抗原负载可以帮助分层MSI-HCRC患者进行PD-1阻塞疗法.
- 这项研究为胃肠道癌症中新抗原景观提供了宝贵的见解,并确定了潜在的治疗点.
