eccDNA-pipe:一个集成的管道,用于识别,分析和可视化来自高通量测序数据的染色体外圆形DNA
Minghao Fang1,2,3, Jingwen Fang1,4,5, Songwen Luo1
1Department of Oncology, The First Affiliated Hospital of USTC, School of Basic Medical Sciences, Division of Life Sciences and Medicine, University of Science and Technology of China, Hefei, 230027, China.
Briefings in bioinformatics
|February 13, 2024
概括
一个新的软件包,eccDNA-pipe,提供了一个用户友好的管道,用于从高吞吐量测序数据中分析额外染色体圆形DNA (eccDNA). 该工具可以从原始数据到准备发布的可视化实现全面的eccDNA研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 染色体外圆形DNA (eccDNA) 在瘤发育中起着至关重要的作用.
- 对于eccDNA检测的高通量测序 (HTS) 方法正在进步.
- 缺乏综合管道阻碍了从HTS数据中进行全面的eccDNA分析.
研究的目的:
- 介绍eccDNA-pipe,一个用户友好的软件包用于eccDNA分析.
- 为从原始测序数据中分析eccDNA提供一个全面的管道.
- 支持各种测序技术,包括WGS,Circle-seq和Circulome-seq.
主要方法:
- 开发了一个可访问的软件包eccDNA-pipe.
- 综合上游分析:质量控制和eccDNA识别.
- 纳入下游分析:长度分布,差异基因丰富和结构可视化.
主要成果:
- eccDNA-pipe处理来自短读和长读测序的数据.
- 该管道自动化了质量控制和eccDNA识别.
- 准备发布的图表自动生成,以增强数据呈现.
结论:
- eccDNA-pipe为eccDNA研究提供了一个全面而用户友好的解决方案.
- 该软件可从HTS数据中对eccDNA进行定制分析.
- 该工具解决了对高效eccDNA分析管道的需求.
