空间解析的单细胞转录组数据集的技术优化,以研究临床肝病的临床肝病
Brittany Rocque1, Kate Guion1, Pranay Singh1
1Division of Abdominal Organ Transplantation and Hepatobiliary Surgery, Department of Surgery, Keck School of Medicine, University of Southern California, 1510 San Pablo Street, Suite 412, Los Angeles, CA, 90033, USA.
Scientific reports
|February 13, 2024
概括
组织处理对肝纤维化研究中的转录组数据质量产生影响. 这项研究在生物银行样本中开发了一个单细胞空间转录学框架,揭示了细胞表型和相互作用.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 病理学 病理学 病理学
背景情况:
- 单细胞和空间奥米克为疾病机制提供了深入的见解,但面临着成本和分析前变异性方面的挑战.
- 空间转录组学缺乏单细胞分辨率,因此需要解卷方法来预测细胞类型.
- 生物库中的临床样本是有价值的,但需要小心处理才能进行可靠的奥米克分析.
研究的目的:
- 建立组织处理,数据处理和生物银行肝脏样本下游分析的最佳实践,使用空间转录学和单核RNA测序 (snRNAseq).
- 从晚期纤维化肝脏样本生成一个空间分辨率的单细胞数据集.
- 通过 snRNAseq 和空间转录组学数据来研究细胞与细胞之间的相互作用.
主要方法:
- 在匹配的正常和高级纤维化肝脏样本上进行了空间转录和snRNAseq.
- 使用配对的snRNAseq数据应用空间转录组的单细胞映射.
- 利用连接体-受体分析来从snRNAseq数据中预测细胞-细胞相互作用.
主要成果:
- 组织保存技术显著影响转录组数据的质量,特别是在纤维化肝脏组织中.
- 创建了一个高分辨率的数据集,其中有24种独特的肝细胞表型在太空中映射出来.
- 通过snRNAseq连接体-受体分析和空间转录组学预测的细胞-细胞相互作用之间观察到不良相关性.
结论:
- 组织处理协议对于肝病研究中转录组数据的完整性至关重要.
- 这项研究提供了一个验证的框架,用于从生物银行肝脏样本中创建空间解析的单细胞数据集.
- 突出了不同欧米克学方法之间预测细胞与细胞相互作用的差异,表明需要进一步的方法改进.
