相关概念视频
Genome Annotation and Assembly
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Comparing Mitochondrial, Chloroplast, and Prokaryotic Genomes
RNA-seq
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
Oligosaccharide Assembly
Multiple sugar molecules that may or may...
Genomic DNA in Prokaryotes
Genomic Diversity in Bacteria
Although bacterial genomes are much...
您也可能阅读
相关文章
通过共同作者、期刊和引用图与本文相关的文章。
Seqwin: ultrafast identification of signature sequences in microbial genomes.
Kente: A Graph-based Pangenomic Approach for Horizontal Gene Transfer Detection in Microbiomes.
Path-dependent recovery of the gut microbiome after antibiotics emerges from coupled ecological and evolutionary dynamics.
在微生物组中通过长时间读取的联合组装图表检测无参考结构变异.
Kristen D Curry1,2, Feiqiao Brian Yu3, Summer E Vance4
1Rice University, Department of Computer Science, Houston, TX 77005, United States.
这项研究引入了rhea,一种用于检测细菌结构变异 (SVs) 和横向基因转移 (HGT) 在元基因组中的新方法,而不需要参考基因组或元基因组组装基因组 (MAGs). 雷亚准确地识别了复杂社区中的微生物基因组变化.
更多相关视频
12:08Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies
Published on: August 20, 2021
12:37Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization
Published on: April 14, 2016
科学领域:
- 微生物基因组学 微生物基因组学
- 转基因组学是指转基因组学.
- 进化生物学是进化的生物学.
背景情况:
- 细菌基因组动态,包括结构变异 (SV),对于微生物适应和宿主相互作用至关重要.
- 由于混合菌株和缺乏明确的参考基因组,在元基因组中检测SVs具有挑战性.
研究的目的:
- 开发一种新型的计算方法,用于在元基因组数据中稳健检测SV和水平基因转移 (HGT).
- 克服依赖参考基因组或元基因组组装基因组 (MAG) 的现有方法的局限性.
主要方法:
- 一种新的方法,rhea,利用一个单一的元基因组组合图从一个系列的所有样本.
- 它分析了样本之间的图表覆盖范围的日志折叠变化,以识别SV和HGT事件.
- 该方法绕过了对参考基因组或MAG的需求,使用原始读取模式.
主要成果:
- 在模拟的元基因组中,Rhea在检测SV和HGT方面优于现有方法,特别是在增加菌株多样性和与参考基因差异的情况下.
- 该方法成功地确定了环境和发酵食品微生物组的序列改变,表明了潜在的宿主优势.
结论:
- 雷亚为研究各种微生物群落中的细菌基因组动态提供了一种多功能且无参考的方法.
- 这种方法通过利用所有测序读数来增强我们对微生物进化和适应的理解.
