PCP自动计数:一个新的斐济/ImageJ插件,用于自动量化平面细胞极性和细胞计数
Kendra L Stansak1, Luke D Baum1, Sumana Ghosh1
1Department of Otolaryngology - Head and Neck Surgery, University of Mississippi Medical Center, Jackson, Mississippi, United States of America.
bioRxiv : the preprint server for biology
|February 14, 2024
概括
自动平面细胞极性 (PCP) 测量现在可以使用菲律宾/ImageJ插件PCP自动计数 (PCPA). 这个工具准确地量化了细胞的方向和数量,为研究人员节省了大量的时间.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物图像分析 生物图像分析
背景情况:
- 平面细胞极性 (PCP) 对组织和器官发育至关重要.
- 在PCP研究中手动测量细胞方向是耗时的.
- 需要自动化工具来加速PCP研究.
研究的目的:
- 开发和验证一个自动化的斐济/ImageJ插件,PCP自动计数 (PCPA),用于细胞计数和PCP测量.
- 评估PCPA在各种组织和物种中的准确性和稳定性.
主要方法:
- 为斐济/ImageJ开发了PCPA插件,用于分析二进制图像和识别细胞结构.
- 应用PCPA对小鼠内耳感官表皮质 (囊和囊) 进行了免疫对βII谱的检测.
- 使用统计分析 (CCC,Bland-Altman) 和定性评估对手工测量进行验证的PCPA测量.
主要成果:
- PCPA在计数耳毛细胞方面达到>99%的准确性,在PCP测量方面达到>96%的准确性.
- PCPA测量结果与手动测量结果 (CCC=0.999) 具有很高的一致性.
- PCPA在各种组织 (Drosophila ommatidia,小鼠表皮细胞,放射性祖先) 和物种中显示出准确性.
结论:
- PCPA是用于自动细胞计数和PCP角度测量的强大而准确的工具.
- 该插件大大减少了PCP数据采集所需的时间和精力.
- PCPA促进了平面细胞极性的遗传和环境研究.
