MicroMPN:在混合种群中进行微生物抑制的高通量查的方法和软件
Karla Franco Meléndez1, Layla Schuster2, Melinda Chue Donahey2
1United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Genomics and Bioinformatics Research Unit, Gainesville, Florida, USA.
Microbiology spectrum
|February 14, 2024
概括
我们开发了fluorMPN,一种使用光标记的病原体和微板选微生物群落以抑制病原体的高通量检测. 这种方法与MicroMPN软件一起,简化了像土壤这样复杂样品的分析.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 农业科学 农业科学
背景情况:
- 目前用于选微生物群落的病原体抑制方法是耗时的,并且在像土壤这样的复杂基质中具有挑战性.
- 在混合群体中,区分活力病原体与其他微生物需要专门的试剂和技术.
研究的目的:
- 开发一种高吞吐量,简化的工作流程,用于选微生物群落,以检查它们抑制目标病原体的能力.
- 创建一套统一的软件和实验室协议,用于评估混合微生物群落中的病原体减少.
主要方法:
- 开发了MPN试验,将光标记的病原体与微板格式的最可能数量 (MPN) 试验相结合.
- 创建了MicroMPN,这是一个命令行工具,用于简化从微板阅读器输出的MPN值计算.
- 提供光表达向量和详细的实验室协议,用于测试实施.
主要成果:
- MPN试验在病原体计数精度方面,与传统的阿加斑检测方法有很强的相关性.
- 这两种方法都有效地恢复了合成微生物群落对病原体的抑制作用.
- 工作流程有助于识别能够减少病原体的微生物群落.
结论:
- MPN测定和MicroMPN软件提供了一种简化,高通量解决方案,用于选微生物群落的病原体抑制.
- 这种方法对于识别潜在的微生物注射剂,益生菌和抗微生物剂,特别是在土壤等复杂环境中是有价值的.
- 提供的资源旨在促进和标准化基于MPN的比较选项目.
