尺寸排除色谱与DIA-MS相结合,可以对来自黑色素瘤血和血清中的细胞外囊泡进行深度蛋白质组分析

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 癌症生物学 癌症生物学

背景情况:

• 细胞外囊泡 (EVs) 与黑色素瘤的进展有关.
• 作为生物标志物的EVs的临床实用性受到蛋白质分析,样本输入和协议复杂性的挑战所阻碍.

研究的目的:

• 开发一种简化,可重复的工作流程,用于对血和血清衍生的EV蛋白进行深度蛋白质分析.
• 为了确定EV相关的蛋白质,以作为黑色素瘤的临床生物标志物.

主要方法:

• 结合尺寸排除染色学 (SEC) 与数据独立采集质谱学 (DIA-MS) 进行EV度和蛋白质分子分析.
• 使用健康捐赠者和黑色素瘤患者的最小样本输入量 (200微升血).
• 实施一个自动化工作流程,用于在血和血清中丰富的蛋白质耗尽.

主要成果:

• 鉴定和量化了2896种与EV相关的蛋白质,与以前的研究相比,深度增加了3.5倍.
• 与原生血液相比,贫血血液中蛋白质组的鉴定量大约翻了一番.
• EV蛋白质组配置文件区分了健康的捐赠者和黑色素瘤患者,并特别在EV中揭示了上调的黑色素瘤标记物 (MCAM,TNC,TGFBI).
• EVs显示在完整的膜蛋白和参与SNARE相互作用和T细胞生物学的蛋白质中富含.

结论:

• 开发的SEC-DIA-MS工作流为EV蛋白质组分析提供了更高的灵敏度和效率.
• 这种方法可以更容易地将基于EV的蛋白质组定型应用于更大的黑色素瘤队列和其他疾病.
• EVs包含特定的蛋白质组信息,对黑色素瘤生物标志物发现有价值.