在医学领域使用元数据驱动的数据协调方法:范围审查
Yuan Peng1, Franziska Bathelt2, Richard Gebler1
1Institute for Medical Informatics and Biometry, Carl Gustav Carus Faculty of Medicine, Technische Universität Dresden, Dresden, Germany.
使用元数据驱动的方法将提取-转换-负载 (ETL) 过程泛化,可以协调研究的各种健康数据. 本研究回顾了方法,确定基于本体论和基于规则的方法是最常见的,尽管选择最好的方法仍然具有挑战性.
科学领域:
- 医疗信息学 医疗信息学
- 数据科学数据科学数据科学
- 临床研究 临床研究
背景情况:
- 多站点临床研究越来越多地使用现实世界的数据 (RWD) 来提供现实世界的证据 (RWE).
- 诊所间的数据异质性阻碍了统一分析,需要提取-转换-负载 (ETL) 或提取-负载-转换 (ELT) 进行数据协调.
- 开发可持续和时间效率高的ETL/ELT流程对于研究数据质量至关重要.
研究的目的:
- 调查通用ETL/ELT流程开发的可能性.
- 专注于使用描述性和结构性元数据的低复杂性方法.
- 探索基于元数据 (MDD) 的策略来协调健康数据.
主要方法:
- 根据PRISMA指南进行了系统的文献审查.
- 在2012-2022年期间搜索了4个主要的出版物数据库 (PubMed,IEEE Explore,科学网,生物医学中心).
- 提取和分析了来自33个包括出版物的数据,对方法和工具进行了分类.
主要成果:
- 包括 33 篇分为 7 个重点组的出版物.
- 基于本体学的和基于规则的方法最常用于跨主题类别.
- 为数据协调的具体用例确定了不同的方法和工具.
结论:
- 以元数据为驱动的 (MDD) 方法对在各个领域开发通用ETL/ELT流程具有前景.
- 自动化数据转换从快速医疗互操作性资源 (FHIR) 到观察医疗结果伙伴关系 (OMOP) 共同数据模型使用MDD是可行的.
- 为ETL/ELT选择最佳的MDD方法和整合策略仍然是一个挑战,需要进一步评估.
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