在复杂样品中的蛋白质形式的有针对性的量化,通过蛋白质形式反应监测

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 质谱测量质量谱测量
• 生物标志物发现发现

背景情况:

• 目前的质谱学分析,如SRM/MRM和PRM是基于的,用于自下而上的蛋白质组学.
• 顶向下的蛋白质组学在完整的蛋白质形状分析中面临着敏感性和可重复性方面的挑战.

研究的目的:

• 引入蛋白质形式反应监测 (PfRM),一种针对性的自上而下的蛋白质组学方法,用于量化完整的蛋白质形式.
• 在敏感性和可重复性方面评估PfRM的性能,解决现有方法的局限性.
• 为简化PfRM数据分析提供Proteoform Finder软件.

主要方法:

• 基于并行反应监测 (PRM) 原则的蛋白形反应监测 (PfRM) 的开发和应用.
• 使用三个标准蛋白质进行PfRM的基准测试,以评估线性,检测极限和量化极限.
• 多重复合PfRM试验应用于肝移植患者的复杂样本 (PBMCs),以量化生物标志物候选物.

主要成果:

• 在femtomole范围内,pfRM在近三个数量级上演示了测试线性.
• 检测和量化极限在低女性体范围内实现.
• 在患者样本中成功量化了候选生物标志物,表明了翻译潜力.

结论:

• PfRM提供了一种敏感和可重复的方法,用于完整的蛋白质形式的目标上下蛋白质组学.
• 开发的测试和软件有可能在诊断中准确量化蛋白质生物标志物.
• PfRM可以提高对蛋白质形式水平疾病病因学的理解.