使用协作交叉小鼠和RNA-Seq方法确定对Aspergillus fumigatus感染的遗传易感性

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 传染病研究 传染病研究
• 宿主-病原体相互作用

背景情况:

• 阿斯伯菌 (Aspergillus fumigatus,Af) 是一种广泛传播的真菌,宿主基因显著影响感染的严重程度.
• 识别控制Af易感性的遗传因素对于了解疾病结果至关重要.

研究的目的:

• 为了确定与宿主易感性相关的候选基因Aspergillus fumigatus (Af) 感染.
• 在小鼠模型中利用RNA测序 (RNAseq) 确定Af感染反应的遗传决定因素.

主要方法:

• 在Af感染后的25条协作交叉 (CC) 线的31只雄性小鼠的肝脏组织上进行了RNA测序.
• 对基因表达数据进行了分析,以确定耐药和易感小鼠之间的差异表达基因,按体重变化分类.
• 使用GENE-E分析平台生成了一个集群热图矩阵.

主要成果:

• 在不同的CC老鼠系中观察到体重变化的显著差异,表明不同的敏感性.
• 通过肝脏基因表达分析确定了12个顶级候选基因,显示了耐药与敏感小鼠的差异表达.
• 在之前绘制的定量特征位点 (QTL) 区域内发现了三种候选基因 (Gm16270,Stox1,Gm11033).

结论:

• 该CC小鼠模型是有效的精细绘制Af易感性的遗传组件.
• 计划对RNA-Seq数据进行进一步分析,包括eQTL分析.
• 已识别的候选基因将在患有阿斯伯吉洛症的人群中进行评估,以评估临床相关性.