非SARS-CoV-2呼吸道病毒检测和来自COVID-19快速抗原测试设备的全基因组测序:实验室评估研究
Michael A Moso1, George Taiaroa2, Eike Steinig2
1Victorian Infectious Diseases Reference Laboratory, The Royal Melbourne Hospital at the Peter Doherty Institute for Infection and Immunity, Melbourne, VIC, Australia; Victorian Infectious Diseases Service, The Royal Melbourne Hospital at the Peter Doherty Institute for Infection and Immunity, Melbourne, VIC, Australia; Department of Infectious Diseases, The University of Melbourne at the Peter Doherty Institute for Infection and Immunity, Melbourne, VIC, Australia.
The Lancet. Microbe
|February 15, 2024
概括
COVID-19快速抗原测试可以检测其他呼吸道病毒. 这项研究表明,非SARS-CoV-2病毒可以从这些设备中测序,帮助社区监测.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组监测 基因组监测
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 快速抗原测试 (RAT) 被广泛用于COVID-19诊断.
- 呈症状的个体检测阴性,可能有其他呼吸道感染.
- 需要通过RAT检测检测到的非SARS-CoV-2病毒的特征.
研究的目的:
- 从使用的COVID-19RAT设备中检测和测序非SARS-CoV-2呼吸道病毒.
- 评估使用RAT用于更广泛的呼吸道病毒监测的可行性.
- 帮助社区层面的循环呼吸道病原体的表征.
主要方法:
- 对常见呼吸道病毒呈阳性的档案临床拭子在两个商业COVID-19RAT上进行了测试.
- 还收集了来自医院急诊室的使用过的RAT设备.
- 从试管条中提取核酸,然后进行多重实时PCR和全基因组测序.
- 使用自定义计算管道进行病毒检测和亚型化分析.
主要成果:
- 63-64%的档案病毒标被从RAT设备中恢复并通过PCR检测.
- 在不同病毒种群中观察到可变的恢复率.
- 从急诊室使用的31台RAT设备中,有11台检测出呼吸道病毒阳性,包括SARS-CoV-2,流感A,RSV和鼻病毒.
- 从检测到的病毒中组装了几乎全长的病毒基因组,从而实现了亚型化.
结论:
- 非SARS-CoV-2呼吸道病毒可以从COVID-19快速抗原测试设备中成功检测和测序.
- 从这些设备中恢复病毒序列为扩大基因组监测提供了宝贵的资源.
- 这种方法可以加强对各种循环呼吸道病毒的公共卫生监测.
