挑战自然化合物生物合成能力的旧微生物宝藏

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 自然产品的发现自然产品的发现

背景情况:

• 菌株集合是重要的生物资源存储库.
• 莱布尼茨研究所 (DSMZ) 拥有多样化的微生物收藏,并有着长期研究菌体的历史.
• 动菌体,特别是Streptomyces,以生产抗生素和生物活性化合物而闻名.

研究的目的:

• 从DSMZ收藏中对五种长期沉积的Streptomyces菌株进行分类学特征.
• 通过基因组挖掘,探索这些菌株天然化合物生产的潜力.
• 确定这些菌株的分类学地位,可能识别出新的物种.

主要方法:

• 多相分类学研究,包括表型,遗传和族系学分析.
• 在体外和in silico分析用于天然化合物的基因组挖掘.
• 数字DNA-DNA杂交 (dDDH) 和平均核酸标识 (ANI) 的计算.

主要成果:

• 这五种菌株 (DSM 40971T,DSM 40484T,DSM 40713,DSM 40976,DSM 40907) 在遗传学和表型上与已知的物种不同.
• dDDH和ANI值低于物种划分的确定的值.
• 基因组分析揭示了二次代谢物生产的潜力,确定了 cinerubin B 和 phosphonoalamide,并突出了 SARP 基因集群.

结论:

• 这五个菌株代表了新的Streptomyces物种:Streptomyces kutzneri sp. 诺维亚,斯特雷普托米塞斯 斯塔克布兰迪蒂 sp. 诺维克斯菌种 (Streptomyces zähneri sp. nov.) 已经成为一种常见的菌种. 诺维亚,斯特雷普托米塞斯温基 (Streptomyces winkii) sp. 在新的一年. nov. 和Streptomyces身体stedtii sp. 这两种菌种. 在新的一年里.
• 这些新型物种具有产生各种二次代谢物的遗传能力.
• 菌株DSM 40976^T是进一步研究新型抗生素发现的调节器引导基因群集激活的有希望的候选人.