在清细胞癌中通过纳米孔测序对m6A甲基组和转录组进行综合分析
Hexin Li1, Chang Li1, Yuxiang Zhang2
1Clinical Biobank, Beijing Hospital, National Center of Gerontology, National Health Commission, Institute of Geriatric Medicine, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing, China.
Molecular carcinogenesis
|February 16, 2024
概括
N6-甲基氨酸 (m6A) RNA的修改与清细胞细胞癌 (ccRCC) 的进展有关. 纳米孔测序揭示了m6A变化及其与基因表达的关联,确定了潜在的ccRCC治疗点.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- N6-甲基氨酸 (m6A) 是真核生物中最常见的mRNA修饰.
- m6A模式与瘤进展有关,但其在转录调节中的作用尚不清楚.
- 纳米孔直接RNA测序允许网站特定的m6A量化.
研究的目的:
- 研究m6A修饰和RNA表达在清细胞细胞癌 (ccRCC) 之间的关系.
- 通过纳米孔测序来识别潜在的ccRCC相关基因和治疗点.
- 探索m6A水平与ccRCC中的基因表达之间的关联.
主要方法:
- 配对ccRCC瘤和相邻的正常组织的纳米孔直接RNA测序.
- 鉴定和分析具有异常m6A修饰和改变RNA表达的基因.
- 基因组丰富分析 (GSEA) 和基因二次测试用于评估路径丰富和统计学关联.
主要成果:
- 9644个基因表现出异常的m6A修饰;5224个基因在m6A和表达上都存在失调.
- 失调的基因在脏和脂肪酸代谢途径中得到丰富.
- 在m6A水平和失调基因的转录表达之间发现了显著的关联.
- 四个与肥胖相关的基因 (FTO,LEPR,ADIPOR2,NPY5R) 被确定为失调,与ccRCC预后和诊断有关.
结论:
- 通过纳米孔测序对m6A修饰和RNA表达的联合分析是疾病基因发现的新方法.
- 纳米孔测序对于RNA表观遗传调节研究是可行的.
- 已识别的m6A相关基因,包括与肥胖相关的基因,代表了ccRCC的潜在治疗标.
