Clockor2:使用根到尖的回归推断全球和本地严格的分子钟
Leo A Featherstone1, Andrew Rambaut2, Sebastian Duchene1,3
1Peter Doherty Institute for Infection and Immunity, University of Melbourne, Melbourne, VIC 3010, Australia.
Clockor2是一个新的网络应用程序,用于根到尖 (RTT) 回归,对于分子时钟校准至关重要. 它有效地分析大型基因组数据集,提高速度和客户端数据处理,以改善隐私.
科学领域:
- 进化生物学是进化的生物学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 来自进化的生物体的分子序列数据通常具有时间,使分子时钟的校准成为可能.
- 根到尖 (RTT) 回归是评估此类数据的时钟式行为的一个关键方法.
研究的目的:
- 介绍Clockor2,一个客户端Web应用程序,用于执行RTT回归.
- 为复杂的基因组数据集配合本地和全球分子钟提供一个有效的工具.
主要方法:
- 开发了Clockor2作为客户端的Web应用程序.
- 实现RTT回归用于分子时钟分析.
- 用大型数据集 (最多10^4个提示) 优化速度和效率.
主要成果:
- Clockor2可以快速安装本地和全球分子时钟.
- 与现有的RTT回归工具相比,显示了显著的速度改进.
- 通过客户端处理确保数据隐私,没有数据离开用户的计算机.
结论:
- Clockor2为分子时钟分析提供了一种高效且易于使用的解决方案.
- 该应用程序有效地处理复杂的基因组数据集和大量提示.
- 它的客户端架构增强了研究人员的数据安全性和可访问性.
更多相关视频
10:38Monitoring Cell-autonomous Circadian Clock Rhythms of Gene Expression Using Luciferase Bioluminescence Reporters
Published on: September 27, 2012
06:53Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures
Published on: November 11, 2016
相关概念视频
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Biological Clocks and Seasonal Responses
Gene Evolution - Fast or Slow?
In contrast, regions which code...
Speciation Rates
Circadian Rhythms and Gene Regulation
Drug Concentration Versus Time Correlation
Two pivotal parameters are the minimum effective concentration (MEC) and the minimum toxic concentration (MTC). The MEC is the...
