氨酸修饰酶在活细胞中的空间时空和直接捕获全球基质
1State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, 201203, China.
Nature communications
|February 17, 2024
概括
研究人员开发了一种新的方法来捕获活细胞中的蛋白质修饰酶基质. 该技术使用残留选择性光交联来识别酶基质相互作用和PTM位点,推进蛋白质组学研究.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 蛋白质修饰酶对于细胞功能至关重要,调节翻译后修饰 (PTM) 基质.
- 精确识别酶基质链接对于理解细胞过程至关重要.
- 目前在体内捕获酶基质的方法有限且未得到充分探索.
研究的目的:
- 开发一种用于直接捕获活细胞中蛋白质修饰酶基质的新策略.
- 为了使酶基质的全球分析和PTM站点的验证.
- 扩展已知的细菌和哺乳动物中氨酸化酶的基质配置.
主要方法:
- 将遗传编码的残留选择性光交联剂转化为蛋白质修饰酶.
- 利用活细胞内的PTM受体残留的交联.
- 将酶 PTM 机制与交叉连接技术相结合.
主要成果:
- 成功捕获了细菌酸酶 (PatZ,YiaC,LplA,TmcA,YjaB) 和哺乳动物酸转移酶 (GCN5,Tip60) 的全球基质.
- 发现了这些酶的新型,具有功能意义的基质和特定的化位.
- 展示了用于PTM酶基质鉴定和PTM位点验证的简单方法.
结论:
- 开发的策略允许在活细胞中直接捕获和对PTM酶基质进行全球分析.
- 这种方法扩大了关键氨酸化酶的已知基质景观.
- 残留物交叉链接概念有潜力研究其他PTM类型,并推进基质-酶交互蛋白质组学.
