在RNA-Seq中常见的线粒体缺失:批量,单细胞和空间转录基因数据集的评估
Audrey A Omidsalar1, Carmel G McCullough1, Lili Xu1
1Department of Translational Genomics, Keck School of Medicine of USC, Los Angeles, CA, USA.
Communications biology
|February 17, 2024
概括
在大脑和肌肉组织中,常见的线粒体DNA (mtDNA) 缺失随着年龄的增长而增加. RNA测序揭示了它们在特定大脑区域的丰富,特别是那些具有多巴胺基神经元的神经元.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 常见的线粒体DNA (mtDNA) 缺失是积累在老化,代谢活跃组织中的结构变异.
- 这些删除与各种疾病状态有关.
- 在转录组学数据中量化mtDNA删除存在方法学上的挑战.
研究的目的:
- 应用和评估Splice-Break2管道,用于在人类RNA-Seq数据集中的mtDNA删除的高通量定量.
- 描述分析 mtDNA 删除在批量,单细胞和空间转录学方面的方法考虑.
- 为了研究常见的mtDNA删除与年龄和组织类型的相关性.
主要方法:
- 在14项研究中的1570个人类RNA-Seq样本上使用了Splice-Break2管道.
- 分析了批量,单细胞和空间转录组学数据.
- 与年龄,组织类型和特定细胞群的相关删除丰度.
主要成果:
- 在RNA-Seq数据中常见的mtDNA删除的丰度与PCR增强mtDNA中发现的水平相关.
- 准备RNA-Seq库显著影响了删除检测.
- 在大脑和肌肉组织中观察到mtDNA缺失和年龄之间的显著正相关性.
- mtDNA删除在皮质灰质层3和5中得到了丰富.
- 在富含多巴胺基神经元的大脑区域发现了常见的mtDNA删除的显著丰富.
结论:
- 拼断断裂2管道为从RNA-Seq数据中量化mtDNA删除提供了一种可行的方法.
- RNA-Seq库的准备是影响mtDNA删除检测的关键因素.
- 常见的mtDNA删除随着年龄的增长而积累在特定的人类组织和大脑区域,特别是与多巴胺功能相关的区域.
