综合生物信息学和长非编码RNA相关-ceRNA的实验分析作为先进胃腺癌中预后生物标志物
Yixin Chen1, Xin Gao1, Xinyang Dai1
1The First Affiliated Hospital of Zhejiang Chinese Medical University (Zhejiang Provincial Hospital of Chinese Medicine), Hangzhou 310006, China.
Journal of Cancer
|February 19, 2024
概括
这项研究揭示了晚期胃腺癌 (ASTAD) 中竞争的内源性RNA (ceRNA) 网络,确定LINC02086是促进癌症进展的关键长非编码RNA (lncRNA),并可能作为治疗点.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 晚期胃腺癌 (ASTAD) 是一种具有不良预后的侵袭性癌症.
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 与癌症有关,可能作为竞争的内源RNAs (ceRNAs) 起作用.
- 在ASTAD中对ceRNA网络的大规模研究是有限的.
研究的目的:
- 为ASTAD构建一个ceRNA网络,以阐明其分子机制.
- 为了确定参与ASTAD病变的关键 lncRNAs.
- 评估ceRNA网络及其组件的预后价值.
主要方法:
- 分析了TCGA和GSE15459队列的RNA测序和miRNA测序数据.
- 鉴定了差异表达的基因和lncRNAs,并构建了一个ceRNA网络.
- 进行了基因本体学 (GO) 和KEGG通路分析,以及Kaplan-Meier生存分析和体外功能测试.
主要成果:
- 总共有176个lncRNA,124个miRNA和2205个mRNA在ASTAD组织中被差异表达.
- 构建的ceRNA网络包括6个关键的lncRNA,25个miRNA和130个mRNA.
- 这些lncRNAs的风险评分预测了患者的结果,并且确认LINC02086通过与miR-93a-5p和MMP3.3相互作用来促进增殖和迁移.
结论:
- 开发的ceRNA网络为ASTAD分子机制提供了重要的见解.
- LINC02086证明了作为晚期胃腺癌的新型治疗点的潜力.
