一个基于amplicon的协议,用于人类呼吸道同胞性病毒亚组A的全基因组测序
Joel Armando Vazquez-Pérez1, Eber Martínez-Alvarado2, Alberto Antony Venancio-Landeros3
1Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
Biology methods & protocols
|February 19, 2024
概括
一个新的基于安普利康的协议使人类呼吸道同胞性病毒 (hRSV) 亚组A的全基因组测序成为可能,即使是从具有较低病毒载荷的样本. 这种方法对于追踪hRSV变体和支持分子流行病学至关重要.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 人类呼吸道同胞病毒 (hRSV) 的完整基因组测序对于基因组表征和识别可传播或致病变体至关重要.
- 从具有低病毒载荷的呼吸道标本中对hRSV的全基因组测序具有重大挑战.
研究的目的:
- 开发和验证基于amplicon的协议,用于hRSV亚组A的全基因组测序.
- 通过循环值 (Ct) 表示的一系列病毒载荷来评估该协议的有效性.
主要方法:
- 设计了一种基于片的协议,针对hRSV-A基因组的保存区域.
- 该协议使用24个hRSV-A隔离物从鼻口腔拭子和细胞培养物中得到验证,Ct值从10到31.
- 整个基因组测序是使用MinION纳米孔技术进行的.
主要成果:
- 该协议成功测序了hRSV-A基因组的93%以上,结合覆盖范围从130×到200×不等.
- 高基因组覆盖率 (超过99.0%) 即使是具有高Ct值 (高达29.6) 的样本也实现了.
- 该方法允许识别hRSV亚组A基因型.
结论:
- 开发的基于amplicon的协议为hRSV亚组A的全基因组测序提供了一种可靠的方法.
- 该协议在广泛的病毒载荷中有效,克服了以前的测序挑战.
- 该方法在分子流行病学和hRSV亚组A的监测中具有显著的应用潜力.
