转基因2cytoscape:一个自动化的软件,用于可解释的2.5-维的转基因网络的可视化
Kozo Nishida1,2, Junichi Maruyama1, Kazunari Kaizu3
1Laboratory for Integrated Cellular Systems, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, 1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045, Japan.
NPJ systems biology and applications
|February 19, 2024
概括
本研究介绍了transomics2cytoscape,这是一个R包,用于对多omics和跨omics网络进行自动化2.5D可视化. 它能够快速,基于网络的解释复杂的生物数据,加速研究见解.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 生物化学网络可视化对于解释omics数据至关重要.
- 多omics数据分析需要整合多种数据类型的可视化方法.
- 当前的2.5D trans-omics网络可视化在很大程度上依赖于手动,耗时的流程.
研究的目的:
- 开发一个自动化的R包,用于2.5D的trans-omics网络可视化.
- 简化解释多omics和跨omics数据的流程.
- 为了促进网络的快速更新和重新绘制,与正在进行的数据分析保持一致.
主要方法:
- 开发R生物导体包"transomics2cytoscape"的开发.
- 实现自动化2.5D可视化技术用于堆叠的omics层.
- 从已发表的文献中使用跨omics网络进行验证.
主要成果:
- "transomics2cytoscape"能够快速,自动化地对trans-omics网络进行2.5D可视化.
- 该软件包可以在几分钟内可视化复杂的网络.
- 促进基于网络的代解释多omics数据.
结论:
- "transomics2cytoscape"显著降低了2.5D跨欧米网络可视化所需的手工工作量.
- 该套件支持动态网络更新,这对于多omics数据分析进展至关重要.
- 允许基于网络的OMIC数据进行高效的机械解释.
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