综合生物信息学方法解开关键基因和涉及结肠直肠癌的途径
Syeda Anjum Mobeen1, Pallavi Saxena2,3, Arun Kumar Jain2
1Department of Biotechnology and Bioinformatics, Yogi Vemana University, Andhra Pradesh, India.
Journal of cancer research and therapeutics
|February 20, 2024
概括
这项研究确定了结直肠癌 (CRC) 发病过程中的关键基因,揭示了ATM,GAPDH,CREB1,VEGFA和CDH1作为CRC的潜在治疗标. 这些发现为CRC分子瘤发生和疾病监测提供了新的见解.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子瘤学分子瘤学
- 癌症信号通路 癌症信号通路
背景情况:
- 结肠直肠癌 (CRC) 是印度死亡的一个重要原因,其病变和信号通路尚未完全理解.
- 诸如生活方式,衰老和遗传倾向等因素都与CRC的发展有关.
- 识别关键基因和治疗点对于有效的CRC监测和治疗至关重要.
研究的目的:
- 确定结直肠癌 (CRC) 诊断和监测的候选枢纽基因和潜在的治疗点.
- 阐明关键的基因和参与CRC病变的信号通路.
主要方法:
- 来自NCBI-GEO数据库的两个数据集 (GSE20916,GSE33113) 的基因表达分析.
- 使用GEO2R识别差异表达基因 (DEG),然后进行基因本体学和KEGG通路分析.
- 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 网络构建,模块检测 (MCODE) 和使用Cytoscape的枢纽基因识别.
主要成果:
- 总共有2221个DEG被确定,富含包括NOD类受体,FoxO和AMPK信号传递在内的途径.
- 检测到三个关键模块和20个优先级高的枢纽基因.
- 十个枢纽基因,包括ATM,GAPDH,CREB1,VEGFA和CDH1,在CRC患者中显示出差异性表达.
结论:
- 这项研究提出了五个新的治疗点:ATM,GAPDH,CREB1,VEGFA和CDH1用于结直肠癌.
- 这些已识别的基因可能为CRC的分子瘤发生提供了新的见解.
- 这些发现支持这些基因在CRC诊断和监测方面的潜在用途.


