对双链RNA高通量测序用于检测温带水果作物的病毒感染的比较性能评估
Armelle Marais1, Pascal Gentit2, Yoann Brans3
1INRAE, Univ. Bordeaux, UMR Biologie du fruit et Pathologie, CS20032, 33882 Villenave d'Ornon Cedex, France.
Phytopathology
|February 20, 2024
概括
高通量测序 (HTS) 与ELISA和RT-PCR等传统方法相比,在水果作物中提供了优越的病毒检测. HTS提供更快,更具包容性的病毒索引,对于隔离和认证计划至关重要.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 病毒学 病毒学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 准确的病毒检测对于温带水果作物的健康和贸易至关重要.
- 目前的诊断方法如ELISA,分子杂交和RT-PCR在包容性和灵敏性方面存在局限性.
- 高通量测序 (HTS) 为全面的病毒索引提供了一个有希望的替代方案.
研究的目的:
- 为了比较ELISA,分子杂交,RT-PCR和HTS在温带水果作物中检测病毒和病毒的性能.
- 评估每个测试的包容性和分析灵敏度.
- 评估HTS对隔离和认证计划的适用性.
主要方法:
- 对ELISA,分子杂交,RT-PCR和dsRNA HTS测定进行比较.
- 对14种病毒和4种具有已知的病毒状况的病毒类病毒进行测试.
- 使用未稀释和连续稀释样本评估包容性和分析灵敏度.
- 对病毒遗传多样性的影响对基于原始方法的分析.
主要成果:
- 在整体检测率上,HTS的检测率最高 (90.7%),远远超过ELISA (68.7%) 和RT-PCR (82.5%).
- RT-PCR的包容性受到影响原料结合部位的点突变的限制.
- 在近三分之二的样本中,HTS在其他测试中遗漏的样本中发现了新型病毒.
- 虽然RT-PCR经常显示出更高的分析灵敏度,但HTS在速度和包容性方面表现出色.
结论:
- 在果树病毒检测中的速度和包容性方面,HTS优于生物索引.
- HTS提供了比传统方法更全面的病毒概况.
- 这些发现强烈支持在果树行业采用HTS进行强有力的检疫和认证协议.
