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Updated: Jul 2, 2025
08:25
Identification of Circular RNAs using RNA Sequencing
Published on: November 14, 2019
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循环RNA的净化使用多 (A) 尾随,其次是RNase R消化
Mei-Sheng Xiao1, Jeremy E Wilusz2
1RNA Biology Laboratory, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Frederick, MD, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|February 21, 2024
概括
这项研究引入了一种改进的方法,用于从总RNA中净化循环RNA (circRNAs). 改进的协议增加了circRNA的丰富度,有助于识别和验证功能性研究的circRNA.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 在RNA生物学,RNA生物学.
背景情况:
- 替代拼接在真核生物中产生线性mRNA和圆形RNA (circRNA).
- 大多数circRNA的表达水平较低,因此在标准RNA测序中对其进行检测具有挑战性.
- 核酶R (RNase R) 通常用于丰富circRNAs,但与具有结构化的3'末端或G-四复合体的线性RNA斗争.
研究的目的:
- 从总RNA中开发一个改进的circRNA净化协议.
- 与标准的RNase R消化相比,提高circRNAs的丰富效率.
- 为了促进 circRNAs 的识别和验证,以便进行后续的功能研究.
主要方法:
- 一个改进的circRNA净化协议,在RNase R消化之前涉及一个poly(A) 尾部步骤.
- 在含有Li+的缓冲器中进行RNase R消化,以破坏G-四重复合体的稳定性.
- 定量RT-PCR (RT-qPCR) 和RNA测序库生成用于circRNA分析.
- 使用CIRI2和CIRCexplorer2算法进行circRNA注释的逐步方法.
主要成果:
- 与标准的RNase R方法相比,改进的协议实现了两到三倍的circRNAs丰富.
- 更有效地去除线性RNA,包括那些有结构3'末端或G-四重复的RNA.
- 能够对单个circRNA的表达和对整个表达的circRNA集的定义进行可靠的检查.
结论:
- 描述的生物化学方法显著提高了circRNA净化效率.
- 这种方法允许从任何总RNA样本中丰富circRNAs.
- 有助于快速识别和验证功能性研究的circRNAs.
