在药用植物中增强转录组分析:在Astragalus membranaceus中多个单基因组

科学领域:

• *植物基因组学和转录基因组学
• * 药用植物研究
• * 二次代谢物生物合成

背景情况:

• * Astragalus membranaceus 是一个重要的东亚药用植物,基因组数据有限.
• * De novo转录组构造对于分析缺乏参考基因组的生物来说至关重要.
• * 烯胺生物合成是A. membranaceus的一个关键代谢途径.

研究的目的:

• * 构建和比较A. membranaceus. 的多个de novo转录组.
• *使用各种转录基因数据分析烯胺生物合成途径.
• * 评估结合不同测序技术和组装器的优势.

主要方法:

• * PacBio 测序 (Set-1) 用于循环共识序列 (CCS).
• *PacBio CCS和Illumina测序的混合组装使用rnaSPAdes进行读取 (Set-2).
• * 在Illumina序列的De novo组装中,使用Trinity (Set-3) 进行读取.

主要成果:

• *多个单基因组实现了有效的转录过 (TPM ≥5) 和删除低质量的数据.
• * 混合组件和Illumina组件补偿了不完整的PacBio CCS,揭示了全长的转录和异形.
• * 基因实体学和KEGG分析突出显示了A. membranaceus根中的活性烯胺生物合成和碳水化合物代谢.

结论:

• * 构建多个 de novo 转录组集对于全面分析是有利的.
• * 结合各种测序和组装策略,可以改善转录的发现,长度和异形检测.
• *这种方法提高了对A. membranaceus.关键代谢途径的理解.